Последствия Ливонской войны и тяжелое экономическое положение страны очень замедлили темпы строительства. В результате победы лютеранства надолго прекратилось сооружение культовых зданий — церквей и монастырей. Вот почему период ренессанса — с середины XVI в. до 30-х гг. XVII в. — значительных следов в истории архитектуры Эстонии не оставил. Таллин был единственным городом, не пострадавшим от военных действий, и здесь строительство было самым интенсивным. Значительно оживилась строительная деятельность в период барокко — после 1630 г. Основное строительство велось в Нарве, игравшей в XVII в. большую роль в торговле с Россией.

В Таллине работы ограничивались главным образом достройкой и перестройкой старых зданий. В конце века начались работы по укреплению городов по повой системе С. Вобана. Однако к началу Северной войны укрепления ни одного из городов Эстонии (Таллин, Нарва, Пярпу, Тарту, Курессааре) еще не были полностью закончены. После присоединения Эстонии к России в начале XVIII в. создались новые условия.

Частное строительство в истощенной войной стране вначале большого значения не имело, оно оживилось в середине века. Однако с самого начала проводятся крупные государственные строительные мероприятия. Из всех церквей XV в. в южной Эстонии лучше всего сохранилась церковь, хотя и здесь своды уцелели только в хоре. Судя по следам на стенах, ими вначале была перекрыта и продольная часть. Ширина хора превышает длину. Хор перекрыт звездчатыми сводами.

По данным источников, церковь в Пухья была построена в 1495—1499 гг.