Эстония - край массового пролета птиц. Особенно многочисленны на прилете гуси, лебеди, утки, гагары, морянки (число морянок на пролете достигает нескольких миллионов), синьги и турпаны (до миллиона). В таком количестве пролетных птиц нигде больше в Европе не бывает. Настоящим раем для гнездящихся и пролетных лебедей, гусей и уток является просторный залив Матсалу с его окрестностями и полуостров Пухту (на западном побережье). Фауна пресмыкающихся очень бедна. Встречаются 3 вида ящериц и 2 вида змей, в том числе ядовитая обыкновенная гадюка. Земноводных немного.

Воды Эстонии богаты рыбой: в республике встречается более 70 видов и подвидов рыб. Половина из них — морские, остальные — пресноводные и проходные рыбы. Много карповых и лососевых. Рыбу ловят как в морских прибрежных водах, так и в озерах и реках. В море особенно распространены салака и килька, которые встречаются в прибрежных водах круглый год.

Промысловыми являются также треска и камбала. Ловля трески в открытом море начинается весной и продолжается до зимы. Зимой ее ловят на больших глубинах, вдали от берегов. Камбалу ловят в прибрежных водах (песчаное дно — одно из условий ее обитания). Из промысловых рыб в море довольно распространены также лосось, морской сиг, угорь.

По лову угря Эстония занимает одно из первых мест среди рыбопромысловых районов СССР. Наибольшими запасами рыбы славятся Пярнуский залив, а также воды, омывающие острова западной Эстонии. Запасы многих ценных пород рыб, в частности лососевых и сиговых, поддерживаются искусственным разведением. Во внутренних водоемах добываются снеток, ряпушка, чудской сиг (все это в Чудском озере), лещ, плотва, окунь, судак, щука, налым и т. д. Многие из них встречаются и в морских заливах. В реках с быстрым течением живет ручьевая форель, в озерах и прудах — карась, в илистых озерах — линь.