Заяц беляк реже выходит из лесов, но и он иногда навещает сады. В ветвях хвойных деревьев прячется белка. Редким, охраняемым животным является летяга, которая встречается в больших лесах. Мышевидные грызуны в республике весьма многочисленны. Интересно отметить, что на островах очень много водяных полевок.

В 1047 г. была ввезена ондатра, а в 1957 г.— бобр, который был уничтожен в начале прошлого века. Из насекомоядных обычны еж, обыкновенная бурозубка и некоторые другие виды. В лесу и на лугах холмики свежей земли говорят о том, что здесь прокладывал свой подземный ход маленький землекоп — крот. Из морских млекопитающих важнейшие промысловые животные — кольчатая нерпа и длинномордый тюлень. Нерпа водится вблизи островов Западно-Эстонского архипелага и Рижского залива, тюлени — преимущественно в Финском заливе.

На них охотятся зимой и осенью. Зимой тюленей стреляют на льду, осенью ловят сетями. Летом животные уходят в более глубокие воды, дальше от берегов Эстонии. В теплое время года в морских водах встречается морская свинья. Очень разнообразна фауна птиц. Мир пернатых богаче по видовому составу мира млекопитающих.

Насчитывается 295 видов (вместе с подвидами 308) птиц, из которых около 200 гнездящихся. Около 60 видов обитает в Эстонии круглый год, другие прилетают лишь на теплое или, наоборот, холодное время года. В глухих уголках хвойного леса селятся глухарь и рябчик, на болотистых участках — вальдшнеп, на лесных полянах — тетерев. Ночью можно слышать уханье серой неясыти, а днем часто доносятся удары крепкого клюва лесного дровосека — дятла (разные виды). Весной и ранним летом кустарники, луга и леса наполняются птичьими голосами. Над открытыми пространствами в небе часто можно видеть полевого жаворонка, пустельгу.