Мирный труд советских людей был прерван нападением на СССР фашистской Германии. Летом 1941 г. Эстонию оккупировали немецко-фашистские войска. В период оккупации фашисты зверски уничтожали мирное население. Было убито 61 тыс. мирных жителей, 64 тыс. советских военнопленных. К началу 1944 г. в Эстонии было создано 20 концлагерей.

В лагерях Калеви-Лийва, Клоога, у Кивиыли, под Тарту уничтожались граждане не только Советского Союза, но и других государств. Несмотря на бесчеловечную жестокость оккупационного режима, эстонские патриоты продолжали ожесточенную борьбу. Лучшие сыны и дочери эстонского народа ушли в партизанские отряды. В 1944 г., когда Советская Армия была уже на подступах к Эстонии, партизанская борьба против оккупантов приняла общенародный характер. На фронтах Отечественной войны сражались батальоны народного ополчения, рабочие полки, сформированные из граждан Эстонской ССР.

Эстонские регулярные части Советской Армии в 1941 г. сражались под Порховом, Старой Руссон и в других мостах. Из эвакуировавшихся в тыл эстонских граждан и отошедших с боями воинов был сформирован в 1942 г. эстонский стрелковый корпус, который позже стал гвардейским. Он участвовал в боях за город Великие Луки, освобождал Эстонию, громил курляндскую группировку врага, героически проявил себя и на других фронтах. Около 20 тыс. воинов-эстонцев было награждено орденами и медалями Советского Союза.

Из них более десяти удостоены звания Героя Советского Союза. Первым получил высокую награду политрук Арнольд Мери. Посмертно была удостоена этого звания бесстрашная разведчица Леэн Куллман. В тяжелые годы оккупации она выполняла в тылу врага ответственные задания. Осенью 1944 г. немецко-фашистские войска были изгнаны Советской Армией из пределов Эстонии.