Во всех направлениях пересекают Эстонию транспортные пути: железные и автомобильные дороги, реки, газопроводы. Эстонская ССР и Российская Федерация соединены между собой двумя железнодорожными магистралями и шоссе, проходящими через Нарву и Псков. Связь Эстонии с ее южным соседом — Латвией осуществляется по железной дороге и шоссе в разных направлениях, главным образом через Валгу и Иклу, вдоль берега Рижского залива. Промышленные города и почти все районные центры связаны между собой железными дорогами. Морские пути соединяют Таллин с Ленинградом и Ригой. Регулярное морское пассажирское сообщение открыто между Таллином и Хельсинки.

Воздушные трассы связывают материковую часть с островами и всю республику с крупными городами СССР. Реки Эстонии не имеют существенного транспортного значения. Небольшие суда ходят по Нарве и Эмайыги, а также на озерах Чудском и Выртсъярв. Основной объем грузовых перевозок приходится на автомобильный и железнодорожный транспорт. Первое место но грузообороту занимает железнодорожный транспорт ((58%), затем следует автомобильный (30%) и морской (2%). Железнодорожная сеть в Эстонии начала развиваться с последней трети XIX в. Она покрывает территорию более или менее равномерно, но наиболее густа на северо-западе. Западная часть хуже всего обеспечена железными дорогами, что объясняется заболоченностью и слабой заселенностью территории.

Общая длина железных дорог всего 1400 км, из них половина — узкоколейные. Узкоколейные дорога сосредоточены главным образом в юго-западной части республики. На островах Сарема и Хиума железных дорог нет совсем. Основными грузами, перевозимыми по железной дороге, являются: горючий сланец, строительные материалы, лес, нефтяные продукты, минеральные удобрения, продовольственные товары. В послевоенное время железные дороги подверглись коренной реконструкции. Вместо старых паровозов стали использоваться мощные тепловозы и электровозы.

Многие дороги электрифицированы. Наличие узкоколейных дорог создает большие трудности в хозяйстве. Стала очевидной необходимость переделать дороги на юго-западе (Таллин — Пярну it Лел-ле — Вильянди) на широкую колею. Некоторые короткие узкоколейные дороги будут закрыты, а их функции будет выполнять автотранспорт. Самый напряженный участок железной дороги Таллин — Тана намечено электрифицировать в ближайшие годы.