Небольшое примыкавшее к церкви помещение первого этажа (собственно подвала) было складом,, а расположенное над ним помещение — сакристией. Помещение к северу от сакристии служило залом капитула, в подвале под ним был калорифер, а рядом — библиотека. Над залом капитула и над библиотекой был дормиторий монахов. От расположенного рядом с библиотекой помещения сохранилась только часть стен. Это был старый рефекторий. Можно предположить, что он был перекрыт звездчатыми сводами, опиравшимися на два; шестигранных столба.

Помещения западного флигеля были сломаны в 20-х годах нынешнего века. Можно предположить, что здесь были помещения для бельцов и послушников. Южный крестовый ход вел в хлебный амбар, перестроенный в начале XIX в. Вначале церковь не имела апсиды. Судя по данным источников, апсида была построена в 1455—1456 гг. Мы ничего ни о помещениях, ни об архитектурном облике северного флигеля не знаем примерно до 1500 г., когда здесь был сооружен обширный новый рефекторий, знакомый нам по старым рисункам; это было двухнефное помещение, своды которого опирались на три шестигранных столба. После упразднения монастыря это помещение с 1550 по 1799 гг. было школой, а с 1799 по 1841 гг. — католической церковью.

Последняя была сломана (сохранились лишь части северной стены), и на ее месте в 1841—1844гг. была построена ныне существующая церковь. Из числа воздвигнутых или перестроенных в XV и XVI вв. монументальных церковных зданий северной Эстонии, бесспорно, самым замечательным является комплекс построек монастыря ордена в Пирита. Благодаря непосредственной близости монастыря к Таллину его можно отнести к памятникам города.