Для датировки Мариинской церкви необходимо сравнить ее с другим тартуским храмом, о котором будет речь ниже, — с Иоанновской церковью. При сравнении их мы констатируем, что план Мариинской церкви в основном идентичен плану Иоанновской церкви. Можно говорить о двух вариантах одной и той же композиции. На основании многих общих черт в архитектуре этих двух зданий их можно отнести к одной и той же шкоде тартуской школе XIV в. Мариинская церковь по объему немного превосходила Иоанновскую церковь. Можно предположить, что она была сооружена несколько раньше.

Иоанновская церковь пострадала во время военных действий в начале XVIII в. Тогда средний неф потерял свои своды; уничтожена была часть интересных архитектурных деталей и погибло много скульптурных украшений. Интерьер обгорел во время бомбардировки 1944 г., а в 1952 г. обрушились северные столбы и своды северного нефа. Вследствие этого трудно получить детальное представление о первоначальном облике церкви. Иоанновская церковь — трехнефная базилика с пристроенной к западному фасаду башней и с хором, имеющим ширину, равную ширине среднего нефа. Сечение всех восьми опорных столбов квадратное (1,3X1,3 м). Судя по фрагментам, в углах столбов была выкрутка с валиком заостренного сечения; эти валики уничтожены при ремонтах. Такие же валики имеют углы аркад среднего нефа и ниш псевдотрифория.

Капитель состоит из абаки и эхина в виде четвертного вала. Капители всех столбов украшены скульптурными изображениями и орнаментом; встречаются растительные мотивы, а также фантастические звери, маски и др. На стороне столба, обращенной к северному нефу, была, по-видимому, небольшая колонка, которая начиналась приблизительно на высоте 2 м. О наличии этой колонки, уничтоженной во время ремонтов, свидетельствуют следы на поверхности столба.