12 января 1991 года Председатель Верховного Совета РСФСР Борис Ельцин совершил визит в Таллин, в ходе которого подписал с Председателем Верховного Совета Эстонской Республики Арнольдом Рюйтелем Договор об основах межгосударственных отношений РСФСР с Эстонской Республикой. В статье I Договора стороны признали друг друга независимыми государствами. В статье IV Договора содержалось положение о том, что стороны признают «за гражданами другой Договаривающейся Стороны, а также лицами без гражданства, проживающими на ее территории, независимо от их национальной принадлежности» право на «выбор гражданства согласно законодательству страны проживания и Договору, заключенному между Российской Советской Федеративной Социалистической Республикой и Эстонской Республикой по вопросам гражданства.»^[32]

 

28 января 1991 года Президент СССР Михаил Горбачёв подтвердил конституционное право выхода Эстонской ССР (и остальных союзных республик) из СССР.

3 марта состоялся референдум по вопросу независимости Эстонской Республики, в котором приняли участие лишь правопреемные граждане Эстонской Республики (в основном эстонцы по национальности), а также лица, получившие так называемые «зелёные карточки» Конгресса Эстонии (условием получения карточки было устное заявление о поддержке независимости Эстонской Республики. Было выдано около 25.000 карточек, их обладателям впоследствии было предоставлено гражданство Эстонской Республики). 78 % проголосовавших поддержали идею национальной независимости от СССР.

Эстония бойкотировала состоявшийся 17 марта Всесоюзный референдум о сохранении Союза ССР, но в северо-восточных районах, населённые преимущественно русскими, местные власти организовали голосование. В этих районах в референдуме приняло участие 74,2 % избирателей, 95,0 % из которых проголосовало за сохранение СССР.

В начале переворота 19 августа ГКЧП в спешном порядке направил на территорию Эстонии дополнительные войска из Пскова, однако их колонна, дойдя до Таллина, не предприняла никаких действий. На следующий день тысячи людей собрались в Таллине на Тоомпеа, сооружая баррикады в защиту местной власти. 20 августа 1991 года Верховный Совет Эстонии принял резолюцию «О государственной независимости Эстонии». 23 августа в Таллине была сброшена с постамента статуя Ленина, стоявшая перед зданием Центрального комитета Коммунистической партии Эстонии.

24 августа М. С. Горбачёв официально признал независимость Эстонии. Согласно официальной позиции Эстонии, 20 августа 1991 года была восстановлена независимость Эстонской Республики, провозглашенной 24 февраля 1918 года.

В 1991 году независимость Эстонии первой признала Исландия. К концу 1991 года дипломатические отношения с Эстонской Республикой возобновили многие страны, включая США, Великобританию и Канаду.

17 сентября 1991 года Эстония стала полноправным членом ООН.

Последние части войск российской армии были выведены из страны 31 августа 1994 г.

29 марта 2004 в Вашингтоне были депонированы документы о вступлении Эстонии в НАТО, а 2 апреля в Брюсселе подняты флаги новых членов альянса.

1 мая 2004 года Эстония, вместе с другими семью государствами Центральной и Восточной Европы, Кипром и Мальтой, вступила в Европейский Союз.

В мае 2005 года Европарламент принял резолюцию по поводу 60-летия победы над фашизмом, в которой осудил сталинскую оккупацию части Европы.

В июне 2005 года Сенат и Конгресс США приняли резолюции, в которых потребовали признания Россией факта оккупации прибалтийских стран.

22 июня 2005 года Парламентская ассамблея Совета Европы приняла резолюцию по вопросу выполнения Россией условий членства в этой организации. В пункте 14-IV резолюции ПАСЕ требует скорейшей выплаты компенсации жертвам «оккупации» прибалтийских государств.