Основанный в 1632 году королем Швеции Густавом II Адольфом как Академия Густавиана Тартуский университет является богатым традициями старейшим   университетом в Северной Европе. Символ Тарту, университет одновременно культурное и научное сердце Эстонии.

Академия Густавиана в шведской провинции Ливония являлась вторым высшим учебным заведением, учрежденным в шведской империи, после университета Упсалы.

Предшественником академии была иезуитская гимназия, образованная польским королем Стефаном Баторием в 1583 году и функционировавшая до 1601 года, пока Тарту (Дерпт) находился в составе Речи Посполитой.

С факультетами богословия, философии, закона и медицины Академия Густавиана обладала привилегиями университета Упсалы. Из-за русско-шведской войны университет Тарту вынужден был переехать в Таллинн в 1656 году, а в 1665 году он закрылся. Снова Тарту стал университетским городом в 1690 году, однако в виду определенных политических обстоятельств, сложившихся между Швецией и Россией, университет эвакуировали в Пярну, который после победы в Северной войне российских войск перешёл во владение Российской империи. Вновь университет был открыт в 1802 году Александром I, когда Эстляндия принадлежала России.

В сегодняшние дни университет располагает примерно 150 зданиями, 30 из них находятся за пределами Тарту, 31 здание украшают город, представляя замечательные архитектурными памятниками. Четыре университетских музея, Ботанические сады и спортивные комплексы открыты для широкой публики.

Главнейшим достижением Тартуского университета является основанная в 1888 году в его стенах наука о лектинах, благодаря тезисам диссертации Питера Германа Штильмарка, об изоляции рицина (белковый токсин).

Главное здание университета в Тарту. 1809

Каждый год в наши дни выходит более 3 300 научных работ, можно утверждать, что примерно половина всех публикаций в научных журналах, авторами которых являются эстонские ученые, написана учеными из университета Тарту. Университет на современном этапе в первую очередь ориентирован на генную инженерию, экологические, информационные и лазерные технологии. Недавние достижения были сделаны в таких областях как молекулярная биология, генные технологии, цитобиология, иммунология, фармакология, лазерная медицина, лазерная спектроскопия, биохимия, экологические технологии, компьютерная лингвистика, психология и семиотика, материаловедение.

Прошлые десятилетия были отмечены организационными и структурными изменениями, а также адаптацией к разным университетским учебным моделям.