В конце XVI в. уже существовало несколько церковных школ. В 30-х годах XVII в. были основаны гимназии в Тарту (1030 г.) и Таллине (1631 г.). Однако в них могли учиться только дети, принадлежащие к сословной верхушке (из немцев и шведов). В 30-х годах XVII в. при таллиннской гимназии и Густавнанской академии были созданы первые в Эстонии типографии, которые выпустили несколько печатных изданий на эстонском языке (большинство изданий печаталось на немецком). Во второй половине XVII в. были сделаны первые попытки создать эстонскую народную школу на родном языке, однако сеть народных школ начала развиваться только полтораста лет спустя. В результате победы России над Швецией в Северной войне (1700—1721 гг.) Эстония вошла в состав могущественного Русского государства.

Разорительные войны на ее территории сменились двухсотлетним периодом мирного хозяйственного и культурного развития. Из северной части Эстонии была образована Эстлиндская губерния, а южная часть вошла в Лифляндскую губернию, которая включала и часть современной Латвии. Благоприятные для сбыта сельскохозяйственной продукции условия служили основой для развития крупного товарного помещичьего хозяйства. Тесные связи с обширным русским рынком способствовали хозяйственному подъему. В конце XVIII и. расширился Таллин, в нем была построена новая гавань.

В 1782 г. в городе насчитывалось уже свыше 10 тыс. жителей (без дворянства и войск). Остальные эстонские города были гораздо меньше.