В своем развитии низинные болота преобразуются в переходные болота, а затем в верховые. Последние можно узнать по сплошному сфагновому покрову, багульнику, вереску, по карликовым березкам, изредка на них встречающимся, а главным образом по болотным соснам с искривленными стволами и мелкой хвоей. Между кочками и грядами — зеркала озерков. Именно верховые болота славятся громадными запасами торфа. Переходные болота встречаются обычно по окраинам верховых болот.

Здесь господствует сосна вместе с березой пушистой. Под ними пышным ковром лежат сфагновые мхи с редким вейником, осокой круглой и пушицей влагалищной. Вдоль берегов озер произрастает разная растительность в зависимости от типов озер. Озера, распространенные на моренах, богаты минеральными веществами, и на них растительность очень разнообразна. Здесь растут тростник, рогоз широколистный, хвощ топяной. в более глубокой воде — кувшинка белая, кубышка желтая, виды рдеста.

Озера с песчаным дном и малым содержанием минеральных веществ, встречающиеся на зандровых полях, очень бедны растительностью. Таких озер в Эстонии мало, всего около двух десятков. Болотные водоемы, которых довольно много, бедны растительностью. Своеобразна растительность морского побережья. Здесь часто можно видеть лебеду прибрежную, катран приморский, дягиль прибрежный и т. д. На песчаных местах, главным образом на берегу моря, растет колосняк песчаный. В бухтах большие площади занимают заросли тростника и камыша.

Тростник используется на силос, а также в строительном деле. R западной Эстонии тростник издавна служил материалом для покрытия крыш. Всего на территории Эстонии произрастает 1368 видов цветковых, хвойных и папоротникообразных растений. Число видов мхов достигает 447, лишайников — около 600, грибов — 2500, водорослей — свыше 1700.