Рельеф
Бóльшая часть поверхности страны - низменная равнина (высота до 50 м), которая имеет общий уклон с юго-востока на северо-запад. В западной части и на островах Западно-Эстонского архипелага, а также на востоке в Причудье преобладают низменности; наиболее значительная из них Западно-Эстонская с большим количеством торфяных болот. Северная и центральная части Эстонии представляют собой волнистую равнину высотой до 166 м (возвышенность Пандивере).

 

К юго-востоку от оз. Выртсъярв находятся наиболее приподнятые части территории - возвышенности Отепя (до 217 м) и Хаанья (318 м), а к западу от неё - возвышенность Сакала (до 145 м). В Эстонии - более 1 500 островов, в числе самых крупных -Сааремаа, Рухну, Хийума, Муху и другие. Рухну находится в центральной части Рижского залива. Побережье Рижского залива - популярное место отдыха и туризма.

 

Геологическое строение и полезные ископаемые
Эстония расположена в пределах Восточно-Европейской равнины. Высота поверхности постепенно повышается от побережий Рижского и Финского заливов в восточном и юго-восточном направлениях. Средние высоты поверхности 50 м над у.м. Западные районы и острова имеют средние высоты менее 20 м над у.м. В послеледниковое время происходит стабильное поднятие поверхности со скоростью ок. 1,5 м за 100 лет, мелеет прибрежная зона, некоторые острова соединились между собой либо с материком.
На западе Эстонии распространены морские, абразионные, моренные и заболоченные равнины. В формировании рельефа Эстонии особо важную роль сыграла деятельность плейстоценовых ледников. В центральных и южных районах наряду с моренными равнинами прослеживаются конечно-моренные валы, цепи озов и друмлинных гряд. На юго-востоке на выходах девонских песчаников преобладает холмисто-моренный рельеф с возвышенностью Хаанья, где находится самая высокая точка страны – гора Суур-Мунамяги (318 м над у.м.). К югу от нее прослеживается зандровая равнина, сформировавшаяся в результате деятельности талых ледниковых вод. На севере на поверхность выходят известняковые коренные породы ордовика и силура, обнажающиеся в крутых уступах (глинтах) вдоль всего побережья Финского залива.
На территории Эстонии есть месторождения горючих сланцев, фосфоритов, торфа, нефти, янтаря.

Климат
Климат переходный от морского к континентальному, зима умеренная, лето прохладное. В прибрежных районах  климат более мягкий. Средняя температура февраля - 5,5 °С, июля -16,6ºС. Осадков выпадает 600-700 мм в год, наибольшее количество - на юго-востоке, максимум осадков приходится на вторую половину лета. Годовое количество осадков изменяется от 510 мм на западных островах до 740 мм в наиболее возвышенных районах юго-востока.

Внутренние воды
Эстония располагает густой речной сетью (420 рек и речушек). Реки северной и западной Эстонии (Нарва, Пирита, Казари, Пярну и др.) впадают непосредственно в заливы Балтийского моря, а реки восточной Эстонии имеют сток во внутренние водоемы: в озеро Выртсъярв на юге (р. Пыльтсамаа) и Чудское (р. Эмайыги) и Псковское на востоке. Самая длинная река – Пярну имеет протяженность 144 км и впадает в Рижский залив Балтийского моря. Наиболее многоводные реки – Нарва, через которую сток Чудского озера направляется в Финский залив, а также Эмайыги. Судоходна только р. Эмайыги, причем ниже города Тарту. Во время весенних паводков уровень воды в реках значительно повышается (до 5 м).
В Эстонии насчитывается более 1150 озер и свыше 250 искусственных прудов. Озера имеют в основном ледниковое происхождение и занимают ок. 4,8% территории. Крупнейшее озеро страны Чудское (или Пейпси) расположено на востоке и образует природную и историческую границу с Россией. Площадь Чудского озера 3555 кв. км, из них 1616 кв. км принадлежат Эстонии. Самый крупный внутренний водоем Эстонии – оз. Выртсъярв – имеет площадь 266 кв. км. По площади озер и водохранилищ среди стран Балтии Эстония занимает первое место.

Почвы и растительность
Благодаря разнообразию материнских пород, гидрологического режима и условий рельефа в Эстонии сформировался пестрый почвенный покров. Так, на юге преобладают дерново-подзолистые и дерново-глеевые почвы, в северной половине – типичные дерново-карбонатные, выщелоченные дерново-карбонатные и оподзоленные дерново-карбонатные почвы, чередующиеся с участками подзолистых, подзолисто-болотных и болотных почв. На крайнем севере и северо-востоке встречаются ареалы подзолистых каменистых почв. В целом заболоченные почвы занимают более половины площади Эстонии, а настоящие болота – ок. 22%. Мариметсаское болото является одним из старейших в Западной Эстонии - представляет собой уникальный для Европы пейзаж и признано имеющей международное значение средой обитания 120 видов птиц. Также здесь растут редкие растения. Эстония расположена в зоне смешанных лесов. Леса занимают 38% её территории, около 65% из них представлены хвойными породами (ель, сосна). Наибольшие массивы лугов расположены на северо-западе страны и на островах.

Животный мир
Для животного мира характерны представители фауны таежных и широколистных лесов. Видовое разнообразие дикой фауны невелико – ок. 60 видов млекопитающих. Наиболее многочисленны лоси (ок. 7000 особей), косули (43 000), зайцы, кабаны (11 000). В 1950–60-х годах интродуцированы марал, благородный олень, енотовидная собака. В наиболее крупных лесных массивах во многих районах Эстонии водятся бурый медведь (ок. 800 особей) и рысь (ок. 1000 особей). В лесах водятся также волк, лисицы, лесная куница, барсук, белки. Распространены лесной хорек, горностай, ласка, по берегам водоемов – европейская норка и выдра. Весьма обычны еж, бурозубка, крот. Прибрежные воды изобилуют такими промысловыми животными, как кольчатая нерпа (в Рижском заливе и у Западно-Эстонского архипелага) и длинномордый тюлень (в Финском заливе).

Наиболее разнообразна орнитофауна. Она насчитывает 331 вид, причем 207 видов гнездятся постоянно в Эстонии (ок. 60 обитают круглый год). Наиболее многочисленны глухарь и рябчики (в хвойных лесах), вальдшнеп (на болотах), тетерев и куропатки (на лесных полянах), лысуха, выпь, пастушок, камышевки, кряква и другие утки (на озерах и морском побережье), а также неясыть, дятлы, жаворонки, пустельга. Под охраной находятся такие редкие виды птиц, как орлан-белохвост, беркут, змееяд, большой и малый подорлик, скопа, белый и черный аист, серый журавль. На островах западного архипелага гнездятся обыкновенная гага, хохлатая чернеть, широконоска, большой крохаль, турпан, серый гусь, чайки. Особенно многочисленны птицы во время весеннего и осеннего массового пролета к местам летних гнездовий или на зимовку в тропические страны. Излюбленные места обитания перелетных птиц - остров Хийумаа, залив Кяйна, заповедник Матсалу и юго-восточные острова, являются и одними из лучших в Европе орнитологическими площадками.

Встречаются 3 вида ящериц и 2 вида змей, в том числе обыкновенная гадюка.

В пресных водоемах и прибрежных водах обитают более 70 видов рыб (карповые, лососевые, снеток, ряпушка, чудской сиг, лещ, плотва, окунь, судак щука, налим, форель, карась, линь, сазан, салака, килька, треска, камбала, морской сиг, угорь и др.). Многие из них имеют промысловое значение. 24 мая 1996 г. неподалёку от острова Сааремаа был выловлен осетр длиной 290 см и весом 135 кг.

Флора Эстонии насчитывает 1560 видов цветковых, голосеменных и папоротникообразных растений. Из них примерно три четверти видов сосредоточены в западных прибрежных районах и на островах. Большим видовым разнообразием отличается флора мхов (507 видов), лишайников (786 видов), грибов (ок. 2500 видов), водорослей (более 1700 видов).

В целом для Эстонии характерно бережное отношение к природе. С целью ее изучения, сохранения генофонда и охраны ландшафтов созданы несколько национальных парков и множество государственных заповедников и заказников. Всего под охраной находится примерно 10% территории Эстонии. Крошечный остров Абрука с небольшим природным резерватом, расположенный в 6 км от южного побережья Сааремаа - "балтийская мекка" эко-туристов.

В 1995 г. Парламент принял закон об устойчивом развитии страны, а в 1996 правительство утвердило стратегию по охране окружающей среды.