Тростник достигает высоты 4 м. В тростниковых зарослях проглядывают небольшие «оконца» воды, встречаются островки — кочки, поросшие осокой и низким кустарником. Залив Матсалу и его побережье находятся во владении пернатых. Вся эта обширная территория, охватывающая также пойму реки Казари. объявлена государственным заповедником. Заросли Матсалуского залива и примыкающие к нему пойменные луга населяет более 120 различных видов птиц, среди которых 50 гнездящихся. Гордостью заповедника считается серый гусь, ставший редкостью в северо-западной части Советского Союза.

В прибрежных зарослях обитает 200 пар птиц этого вида. Много здесь различных видов уток-крякв, чирков-трескунов, широконосок, шилохвостей. Когда наступает пора линять, на воды залива слетается много уток из очень отдаленных районов. Встречаются также красноголовый нырок, большая и краснощекая поганки, черная крачка и другие птицы. Гнездятся в заливе чайки, кулик-сорока, выпь, лысуха, камышница, пастушок, водяная малая курочка, дроздовпдная и тростниковая камышевка, камышевка-бар-сучок.

За живущими в тростниковых зарослях птицами охотится болотный лунь. Время от времени посещает залив и морской орел — орлан-белохвост, обитающий в окрестных лесах. На островках пролива Муху гнездятся морские птицы — обыкновенная гага, крачка-чеграва и др. Во время массовых перелетов на юг в Матсалуском заливе останавливаются на отдых огромные стаи диких гусей, лебедей, северных уток, белощеких казарок. Заповедник Матсалу открыт для носитителей круглый год. Но зимой здесь мало что можно увидеть.

Во время ледохода и весеннего половодья на заливе и лугах появляется множество птиц. В апреле прилетают лебеди, на глубокой воде плавают стан морских чернетей, гоголей и других птиц, на лугах тысячами кормятся кряквы и свиязи. В мае лебеди и утки улетают на север, а на побережье появляются различные кулики. Несколько недель длится пролет турухтанов, щеголей, чернозобиков и песочников. Начинают гнездиться утки, кулики, чайки.