Патриархальная сельская община распадалась. Пахотные земли постепенно переходили в частное владение, выделились более богатые семьи. Росло крупное землевладение, зарождались феодальные отношения. Раннефеодальные отношения в Эстонии начали складываться в период X--XII вв. В начале XI11 в. эстонцы, так же как их соседи ливы и латыши, подверглись нападению немецких феодалов, вторгшихся в Прибалтику под предлогом распространения христианства.

Немецкие и датские феодалы, поддерживаемые римским папой, стремились захватить новые земли и расширить своп владения за счет Балтийского побережья, а затем и русских земель. В борьбе с захватчиками большую помощь эстонцам, как и другим народам Прибалтики, оказывал русский народ. Однако татаро-монгольское нашествие подорвало мощь русских феодальных княжеств и после многолетней борьбы хорошо вооруженным немецким завоевателям удалось захватить эстонские земли. В 1227 г. вся территория нынешней Эстонии оказалась и руках захватчиков. Север захватила Дания, центральный и юго-западный районы достались Ордену меченосцев, который позже влился в Тевтонский орден. Часть страны была поделена между епископами.

В результате агрессин иноземцев эксплуататорский класс феодалов образовался преимущественно из немецких рыцарей, эстонское же крестьянство составляло эксплуатируемый класс. Часть местной феодализирующейся знати была уничтожена в ходе завоевания страпы и при подавлении восстании, часть ее разорилась и постепенно слилась с массой крестьянства. Стремясь укрепиться на захваченных землях, завоеватели строили замки, развалины которых можно видеть в Эстонии повсюду. Со второй половины XIII в. немецкие и датские феодалы основывают феодальные хозяйства, которые эстонцы называли мызами (так же как и крупные земельные владения эстонских крестьян). Завоеватели жестоко эксплуатировали сельское население, сгоняли земледельцев с лучших земель. Крупнейшие города Таллин и Тарту скоро по примеру немецких городов получили широкие права на самоуправление.

В городах господствующее положение занимали немецкие купцы и ремесленники. Власть находилась в руках магистрата, куда входили представители купеческой верхушки. Эстонцы, несмотря на то что составляли большинство населения, имели доступ только к самым «низким» профессиям. В XIII в. образовался Союз северогерманских торговых городов (Гапза), куда вошли и такие крупные города, как Таллин, Тарту и Пярну. Ганза пыталась монополизировать всю торговлю с русскими и иными землями, лежащими на востоке Европы. Из Эстонии вывозились сельскохозяйственные продукты, через нее перевозились товары из русских земель в Западную Европу.