В конце XVIII — начале XIX в. стали развиваться товарно-денежные отношения. Усиливалась эксплуатация крестьян. То здесь, то там вспыхивали крестьянские волнения. Часто для их подавления помещики вызывали войска, и тогда происходили столкновения, которые народ называл войнами. Борьба крестьян против крепостного ига заставила помещиков пойти на формальные уступки. В 1816 г. в Эстляндии, а в 1819 г. в Лифляндии были введены новые крестьянские законы.

Крестьяне получили личную свободу, но их земля оставалась в полном распоряжении помещиков. Крестьянские реформы способствовали развитию капиталистических отношений. В 1840—1860 гг. Эстонию охватили особенно сильные крестьянские волнения. Самое мощное восстание произошло в северной Эстонии в 1858 г. и вошло в историю под названием войны в Махтра.

В этом году 1/2 крестьян Эстляндии была охвачена стихийно возникшими волнениями, которые имели большое значение, так как заставили правящие классы пойти на ряд реформ (переход на денежную ренту, разрешение продавать землю крестьянам и другие). Во второй половине XIX в. в связи с расслоением крестьянства зажиточные крестьяне, особенно в южной Эстонии, где капиталистические отношения были более развиты, стали покупать дворы в собственность и выделяться отдельными хуторами. По мере развития капитализма в сельском хозяйстве помещики и зажиточные крестьяне все Солее обогащались, а массы бедняков и середняков разорялись. Особенности развития капитализма, а также природные условия и экономико-географическое положение влияли на характер сельскохозяйственной специализации. Северная часть Эстонии специализировалась на молочном животноводстве и выращивании картофеля.

Сбывались молочный продукты и картофель в Таллине и Петербурге. Часть картофеля перерабатывалась на спирт и водку, а получаемые отходы на корм скоту. В средней части Эстонии, в бассейнах рек Пярну и Эмайыги, сформировался типичный район товарного животноводства. Побочные отрасли хозяйства не имели большого значения. Здесь разводили породистый молочно-мясной скот. (В первой четверти XIX в. в связи с падением цен на зерно помещики в поисках новых доходов стали разводить тонкорунных овец, а во второй половине века в связи с падением цен на шерсть — крупный рогатый скот.