Сохранились также редкие виды птиц: орлан-белохвост, беркут, змееяд, большой подорлик, малый подорлик, скопа, белый аист, черный аист, серый журавль. Все они охраняются законом. Мелководное прибрежное море, скалистые или песчаные берега, многочисленные острова, тихие заливы, озера и реки создают необычайно благоприятные условия для жизни водоплавающих. Наиболее богата фауна западного побережья и островов. Много здесь на гнездовье таких птиц, как обыкновенная гага, хохлатая чернеть, широконоска, большой крохаль, турпан, серый гусь, многочисленны и чайки.

В тростниках на озерах и на морском побережье водятся лысуха, выпь, пастушок, камышевки и другие птицы. Из уток больше всего гнездится кряква — свыше 10 тыс. пар. Общее число гнездящихся уток в Эстонии превышает 30 тыс. пар.