Растительность Эстония лежит в зоне смешанных лесов. Два тысячелетия назад почти вся Эстония была покрыта лесами. На суглинистых почвах возвышенностей росли главным образом еловые леса, а на песчаных почвах — сосновые. Низменности были покрыты заболоченными лесами. С возникновением подсечного земледелия леса постепенно вырубались, уступая место полям, лугам и лесолугам. Лес «отодвигался» на участки, малопригодные для сельского хозяйства.

В настоящее время площадь лесов в Эстонии составляет 1377 тыс. га, или 30,5% территории республики. В Эстонии произрастает 87 местных видов деревьев и кустарников. Из древесных пород наиболее распространены сосна обыкновенная (преобладающая на 46% территории, покрытой лесом), ель обыкновенная (20%), березы бородавчатая и пушистая (28%), осина обыкновенная. Встречаются также ольха клейкая, или черная, и серая. Из лесообразующих пород нужно, кроме того, отметить дуб, клен, ясень, ильм, вяз гладкий и липу.

Повсюду можно встретить рябину обыкновенную, черемуху, иву ломкую и некоторые другие ивы. Редкими видами являются тис ягодный, яблоня дикая, рябина скандинавская, рябина ария, слива колючая и некоторые виды боярышника, растущие главным образом в западной части Эстонии. Нужно отметить, что западная Эстония богаче видами, чем восточная. Это обусловлено более мягким климатом и богатыми карбонатными почвами. В этой части республики встречаются многие редкие для Эстонии растения. Лучше всего сохранились леса в северо-восточной и юго-западной частях республики.

К северу от Чудского озера простираются большие Ллутагузеские леса. Богата лесами также полоса, тянущаяся от юго-западной окраины республики на северо-восток до Финского залива. Значительные лесные массивы имеются и в других частях республики. Сосняки распространены главным образом на песках, а также на болотистых местах. На супесчаных и суглинистых почвах растут обычно ельники и елово-сосновые смешанные леса.