Увеличение продукции животноводства стало возможным прежде всего благодаря улучшению кормовой базы и повышению продуктивности скота. В среднем от каждой коровы в колхозах получают на 900, а в совхозах — на 1000 кг молока больше, чем получали единоличные хозяйства в 1940 г. В 1965 г. во всех категориях хозяйств каждая корова давала в среднем 3079 кг молока (в 1940 г.—1976 кг). Себестоимость молока в Эстонии самая низкая в Советском Союзе. Продуктивность молочного скота постоянно контролируется (удой каждой коровы в отдельности). Под таким контролем сейчас находится 92% всего молочного скота. Создание прочной кормовой базы в республике стало возможным благодаря осушению переувлажненных земель (уже осушено более 310 тыс. га), которые используются под посевы нолевых культур и как высокоурожайные пастбища, а также благодаря повышению урожайности всех сельскохозяйственных культур.

Распространены три породы крупного рогатого скота, выведенные в течение долгого времени, а потому хорошо приспособленные к местным условиям. Больше всего разводят эстонскую красную и черно-пеструю породы. Эстонская красная порода распространена преимущественно в центральной, южной, юго-восточной и западной частях. Эта порода явилась результатом более чем 100-летней работы эстонских животноводов, скрещивавших местные породы с немецкой и датской красной породой. Эстонская черно-пестрая порода разводится главным образом в северных и юго-западных районах.

Получена она путем скрещивания местной и голландских пород. Эстонская местная порода распространена лишь в некоторых западных районах и на островах. В республике около 200 племенных ферм крупного рогатого скота, где выращиваются животные на продажу в другие республики СССР. Свиноводство — вторая по значению отрасль животноводства. Свыше 60% производимого мяса — свинина, главным образом высококачественный бекон.

Разводят две породы свиней — крупную белую и эстонскую беконную (эстонскую вислоухую). Крупная белая порода составляет в совхозах примерно 80%, в колхозах— 70% общего поголовья свиней. Эстонская беконная порода разводится главным образом в западной части, а крупная белая — в остальных районах. На 50 племенных фермах выращиваются свиньи на продажу в другие районы Советского Союза. Немалая заслуга в повышении продуктивности свиней принадлежит Кехтнаской контрольно-опытной станции свиноводства.