Исторически сложилось, что основной специализацией сельского хозяйства Эстонии было мясомолочное животноводство.

Проведенная в конце 1940-х годов коллективизация имела катастрофические последствия: зажиточные крестьяне были раскулачены и сосланы в Сибирь, продуктивность отрасли резко снизилась. В 1950–1960-е годы сельское хозяйство Эстонии было в значительной мере восстановлено. Позже Эстония стала своего рода экспериментальной лабораторией для советского сельского хозяйства, особенно в сфере самоуправления. В 1977 средний размер колхозных или совхозных земель составлял 5178 га. В середине 1970-х годов две трети объема сельскохозяйственного производства давало животноводство, одна треть приходилась на зерновые, овощи и сено (причем бульшая часть зерновых шла на корм скоту).

Несмотря на предпринимаемые меры, сельское хозяйство остается самым отсталым сектором экономики. Эстония потеряла рынок сбыта сельскохозяйственной продукции на востоке, а экспорт продукции на запад ограничен разными квотами. Лишь треть продукции животноводства и свиноводства экспортируется. Негативно отразились на состоянии отрасли и медленные темпы приватизации сельскохозяйственных угодий. К 1998 было зарегистрировано ок. 35 тыс. частных ферм, средний размер хозяйства составлял 23 га. В последнее десятилетие происходило сокращение площади пахотных угодий, и в настоящее время под пашней находится ок. 25%, под пастбищами – 11% территории страны. В структуре сельского хозяйства преобладает мясомолочное животноводство и беконное производство. Кроме того, выращивают картофель, овощи, зерновые и плодовые культуры.