Основными отрасялми промышленности являются топливно-энергетический комплекс, химическая промышленность, машиностроение, текстильная промышленность, целлюлозно-бумажная и деревообрабатывающая промышленность. Основу топливно-энергетического комплекса составляет добыча и использование горючих сланцев. На сланцах работает Эстонская и Прибалтийская ГРЭС. Сланцевый бассейн находится на севере Эстонии, на побережье Финского залива. Газ частично получают путём газификации горючих сланцев (полученный таким образом газ идёт в Таллин), а также закупают в России.

Ряд элекстростанций работает на торфе.

Химическая промышленность также развивается на основе переработки сланцев. Сланцевые комбитаны в Кохтла-Ярве и Кивиыли производят азотные удобрения, фенолы, красители. В Маарду также имеется производство фосфорных удобрений, сырьём для которых являются фосфориты, добываемые в Эстонии.

Машиностроение представлено как нематериалоёмкими (выпуск электрооборудования, радиоаппаратуры и т.п.), так и металлоёмкие (оборудавание для добычи и переработки сланцев) отрасли. Транспортное машиностроение представлено судостроением (Локсаский судостроительный завод).

Центрами целлюлозно-бумажной и деревообрабатывающей промышленности являются Кехра, Тарту, Пярну.

Центром промышленности строительных материалов является Кунда.

Из отраслей лёгкой промышленности имеется текстильная (представлена главным образом хлопчатобумажным производством, работающим на привозном сырье; центры — Нарва, Таллин), трикотажная и швейная промышленность.

Пищевая промышленность производит мясо, пиво, рыбные консервы и другие продукты.