Тарту неоднократно страдал от войн. После окончания Северной войны были восстановлены старинные торговые связи Тарту с русскими городами. В XVIII в. Тарту несколько раз горел. Особенно большой ущерб нанес городу пожар 1775 г., уничтоживший большую часть зданий, в том числе ратушу и мосты через Эмайыги. В конце XVIII — начале XIX в. в городе появилось много зданий в стиле классицизма, господствовавшем в те времена в русской архитектуре.

Этим Тарту до сих пор отличается от остальных эстонских городов. На месте здание, сгоревшего в XVIII в., была построена новая ратуша (в ней помещается Тартуский городской исполнительный комитет). Недалеко от Ратушной площади в начале XIX в. было построено в классическом стиле главное здание Тартуского университета—одно из красивейших зданий города. Античные пропорции придают строгость университетским зданиям, расположенным у подножия холма Тоомемяги. В первой половине XIX в. в Тарту появились первые промышленные предприятия, но основной функцией города продолжала оставаться торговля. Постройка железных дорог вызвала подъем в экономической жизни.

В начале XX в. Тарту стал самым крупным промышленным городом центральной и южной Эстонии. Тарту очень пострадал в годы Великой Отечественной войны, но после восстановления он, несомненно, похорошел. Разрушенные старые кварталы застроены современными домами, построены новые мосты. Изобилующий садами и бульварами район между центральной частью Тарту и вокзалом застроен в конце XIX — начале XX в. Здесь находятся главное здание Эстонской сельскохозяйственной академии, некоторые учебные корпуса и общежития университета, исследовательские институты, музеи. Интерес вызывает принадлежащее университету здание по улице Юрия Гагарина, в архитектуре которого использован эстонский национальный орнамент. В этом здании в 1920 г. был подписан Тартуский мирный договор между Финляндией и Советской Россией.

Широкое жилищное строительство, развернувшееся в послевоенные годы, преобразило район. На склоне долины выстроено монументальное здание театра «Ванемуйне». В Тяхт-вереском парке у Таллинского шоссе стоит памятник видному эстонскому революционеру Хансу Хендеману. Левобережье, или, как его называют, Заречье, застроено новыми современными домами. Но здесь в старинном парке тоже запечатлена история: торжественная тишина стоит над братскими могилами советских воинов, героически сражавшихся в годы Великой Отечественной войны.